Em maio de 1996, o Conselho Nacional de Política Fazendária – CONFAZ, reunido em Fortaleza,  registra a importância de um programa de consciência tributária para despertar a prática da cidadania.

Em setembro de 1996, a implantação de um programa nacional permanente de conscientização tributária faz parte do Convênio de Cooperação Técnica entre União, Estados e Distrito Federal.

Em julho de 1999, tendo em vista a abrangência do programa que não se restringe apenas aos tributos, mas que aborda também as questões da alocação dos recursos públicos arrecadados e da sua gestão, o CONFAZ, reunido na Paraíba, aprova a alteração de sua denominação que passa a ser: Programa Nacional de Educação Fiscal - PNEF.

Em 31 de dezembro de 2002, publicada a Portaria nº 413 que define as competências dos órgãos responsáveis pela implementação do Programa Nacional de Educação Fiscal, que são: o Ministério da Fazenda: Secretaria da Receita Federal do Brasil, Secretaria do Tesouro Nacional e Procuradoria Geral da Fazenda Nacional; o Ministério da Educação: Secretaria de Educação Básica; o Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão: Secretaria de Orçamento Federal; a Controladoria-Geral da União: Diretoria de Combate à Corrupção e no âmbito estadual e municipal os Grupos de Educação Fiscal (GEFE e GEFM).

Em março de 2009, publicada a Portaria nº 41, que cria as comissões temáticas: Planejamento Estratégico, Referencial Teórico e Metodológico, Sensibilização e Marketing, Avaliação e Implantação nas Escolas e Ensino a Distância. Tem como objetivo criar as condições para o desenvolvimento das ações previstas no Planejamento Estratégico 2008-2011.